Bioabfall und dessen Abbau durch Mikroorganismen kann zu einer unerwünschten Belastung der Umgebung, etwa durch unangenehme Gerüche, führen. Die gesamte Luft aus dem Inneren des Biogas- und Kompostwerkes der MVR am Wulksfelder Damm – aus Anlieferungshalle, Biogasanlage und Rottehalle – wird deshalb durch Biofiltersysteme geleitet. Ein ständiger Unterdruck sorgt dafür, dass die Luft den Weg nach draußen nur über die Biofilter nimmt. In den Biofiltern versehen mehrere Tausend hoch spezialisierter Bakterien- und Pilzarten den Luftreinigungsdienst. Die Mikroorganismen leben auf einem Substrat aus Wurzelholzfasern und reinigen pro Stunde 100.000 Kubikmeter Luft. Die Gesamtfläche der Biofilter beträgt mehr als 800 Quadratmeter.

Durch die intensive Reinigung ist eine geruchsarme Abluft garantiert. Die Wirksamkeit wird regelmäßig durch Messungen eines zertifizierten Umweltmessinstituts kontrolliert. Im Umfeld der Anlage kommt es deshalb nur sehr selten zu wahrnehmbaren Gerüchen. Unabhängige Institutionen prüfen regelmäßig die Funktion und Leistungsfähigkeit der Filtersysteme. Die Wartung des Biofiltersystems sowie der restlichen Anlage fällt ebenfalls in den Aufgabenbereich der Mitarbeitenden. Sie halten sowohl im laufenden Betrieb als auch in planmäßigen Stillstandszeiten der Anlage sämtliche Maschinen, Systeme zur Energieversorgung und sonstige Bauteile der Anlage, entsprechend dem branchenüblichen Standard, am Laufen.